A10. CYSTANALYSER

Despois de descargar e instalar CystAnalyser, executas o programa e ábrese a seguinte fiestra:

cunha apariencia convencional como a doutras aplicacións gráficas. Se pulsamos o último botón da barra de ferramentas, temos esta apariencia onde toda a funcionalidade proporcionada por CystAnalyser está visible.

No manual de uso de CystAnalyser descríbense todos os detalles de uso do programa, pero o uso habitual dunha persoa do CHUS sería:

Paso 1

Se é a primeira vez que usamos CystAnalyser despois de instalalo, ir ó menú File e submenú Preferences para establecer o directorio onde están as imaxes.

Esta configuración podes gardala e xa non tes que realizar este paso a próxima vez.

Paso 2

Abrir unha imaxe nova premendo no segundo botón da barra de ferramentas. Ábrese unha venta onde seleccionar a imaxe a abrir (ten que estar en formatos coñecidos como JPEG, TIF, PNG, BMP, etc).

Paso 3

No panel lateral, seleccionar o botón de radio para indicarlle ó programa se se trata dunha imaxe de fígado (liver) ou ril (kidney).

Paso 4

Premer no botón RUN despois da etiqueta “Automatic cyst recognition” para que o programa recoñeza automáticamente o contorno dos quistes visibles na imaxe.

Coa imaxe anterior (qué é de fígado) verase o seguinte:

Paso 5

No panel lateral podes ver os resultados da análise da imaxe:

  1. Índice quístico (Cystic index) que se refire a porcentaxe de área na imaxe ocupada por quistes e que, neste caso, é o 33%.
  2. O número de quistes (Cystic number) que, neste caso, é 126.

Pero, o recoñecemento dos obxetos de interés (quistes) non sempre é perfecto.

Usando a interface gráfica, podes borrar quistes recoñecidos ou engadir novos quistes (mira o manual de uso para ver como se fan estas operacións).

Paso 6

Tamén podes ver o tamaño de cada quiste pulsando no botón SHOW TABLE, como ves a continuación (se seleccionas un quiste, podes ver na táboa da parte inferior o seu diámetro e área):

Paso 7

Descarga as imaxes exemplo para poder procesar outras imaxes.

Paso 8

Supoño que ó alumnado viráselles á mente moitas preguntas: como calcular o diámetro dunha figura irregular?

Eu sei como calcular o diámetro dunha circunferencia pero… doutras figuras? E como calculo a área? En qué unidades está?

En definitiva, como fai o ordenador estes cálculos?

Estas preguntas serán contestadas nas actividades 11, 12 e 13: “Medindo células contando puntos (píxeles) nas imaxes”, “A escala dixital: medindo a realidade que nos rodea” e “Medindo a realidade nas ciencias naturais e sociais” na que se combina o uso do CystAnalyser con actividades de lapis e papel que relacionan a forma de facer manual, usando conceptos que estamos estudando na materia de matemáticas, coa forma de proceder das máquinas.

Paso 9

Podes organizar a aula en grupos de traballo, de xeito que mentres algúns grupos están facendo as actividades 11 ou 12 no papel, outro grupo estea xogando a ser científico/a en biomedicina co CystAnalyser: abrindo imaxes, procesandoas automáticamente, ou simplemente debuxando manualmente os quistes sobre a imaxe.

Nas miñas visitas aos colexios de Santiago de Compostela soe gustarlles moito (hai que adestrarse na psicomotricidade de manexar o rato), e permite incluso imaxinar e compartir fantasias.

O programa funciona con pantallas táctiles e, algunhas veces, coas pantallas dixitais que hai nas aulas nas que poderían debuxar as células e os quistes co dedo seleccionando o botón de debuxado libre na barra de ferramentas (botón cun lapis).